研究院是深圳市政府和清華大學于1996年12月共建的、以企業(yè)化方式運做的事業(yè)單位，雙方各占50%股份，實行理事會領導下的院長負責制。研究院占地面積1.6萬平米、建筑面積3.2萬平米，1999年8月落成使用。
        研究院恪守著清華“自強不息，厚德載物”的校訓，秉承了深圳“敢闖敢試，兼容并蓄”的精神，以體制機制創(chuàng)新為核心，在實踐中形成了獨具特色的發(fā)展理念，確立了行之有效的發(fā)展戰(zhàn)略，各項工作持續(xù)不斷地取得了令人矚目的進展與成績。
        研究院創(chuàng)立了“四不像”理論，即：研究院既是大學又不完全像大學，文化不同；研究院既是科研機構(gòu)又不完全像科研院所，內(nèi)容不同；研究院既是企業(yè)又不完全像企業(yè)，目標不同；研究院既是事業(yè)單位又不完全像事業(yè)單位，機制不同。
        研究院確定了“四三二一”戰(zhàn)略，即：四個加強，加強與清華的紐帶，加強與政府的互動，加強與金融的結(jié)合，加強與國際的合作；三個重點，重點人才、重點項目和重點園區(qū)；兩個關系，開拓發(fā)展和規(guī)范管理的關系，集體利益和團隊激勵的關系；一個核心，體制機制創(chuàng)新。
        研究院定位于充當清華大學推進區(qū)域科技經(jīng)濟社會發(fā)展的典范、珠三角高科技上市公司的搖籃和華南地區(qū)人才培養(yǎng)的重要基地。據(jù)此，研究院提出了四個主要發(fā)展目標：第一，推出一大批擁有自主知識產(chǎn)權、面向市場的科技成果；第二，加速科技成果的轉(zhuǎn)化；第三，培育高科技創(chuàng)業(yè)企業(yè)；第四，培養(yǎng)高層次人才。
        研究院致力于金融助力的科技成果轉(zhuǎn)化，借力于科技特色的金融體制創(chuàng)新，全面構(gòu)建輻射海內(nèi)外的科技創(chuàng)新孵化體系及產(chǎn)業(yè)投資平臺，培育關乎國家經(jīng)濟命脈、具有行業(yè)領先地位、具備長期可持續(xù)的戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)。
        經(jīng)過十幾年的發(fā)展，研究院已逐步探索出“科技創(chuàng)新孵化器”的經(jīng)營發(fā)展模式，建立了完善的“科技創(chuàng)新孵化體系”，形成了科技金融深度融合的發(fā)展驅(qū)動方式。
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